下表按人口排列了爱沙尼亚人口超过10万的城区。
城区（或城市群）人口是指居住在达到城市密度水平的连贯地域轮廓内的人口，通常包括一座城市及其周边的郊区边缘。
| 排名 | 城市地区 | 人口估算（2025） | 1年变化（与2024相比） | 陆地面积 (平方公里) | 密度（人/平方公里） | 全球排名 | 预测（2030年） | 预测（2050年） |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Tallinn | 439,526 | 0.38% | 119 | 3,694 | 1,269 | 426,981 | 412,430 |
| 2 | Tartu | 82,123 | 0.35% | 24 | 3,422 | 7,591 | 80,148 | 74,410 |
来源：联合国经济和社会事务部人口司（2025年）。《世界城市化前景：2025年修订版》，在线版。